Сейчас если включены оба холодильных шкафа и у них начинают работать компрессоры, то минуты через две на фильтре гаснет кнопка включения сетевого фильтра, соответственно холодильники вырубаются и через пару секунд кнопка загорается и холодильники вновь начинают работать

А Вы почитайте на сетевом фильтре мощность с которой он предназначен работать. 2 шкафа при одновременном пуске компрессоров дают значительный ток.
Соотв. если фильтр на такой ток не рассчитан, то он будет отключаться. Самое простое решение здесь уже подсказали. А я посоветую не самое простое, но на мой взгляд самое верное - каждый холодильник должен быть подключен к сети через свой СОБСТВЕННЫЙ автоматический выключатель. Это наиболее правильный подход с точки зрения безопасности эксплуатации. Если возникают проблемы отключается автомат.